Embora condenado à masmorra, o cientista passou os cinco primeiros meses da pena sob custódia do arcebispo da cidade italiana de Siena. Galileu sofreu muito com a condenação. Nessa época, a Igreja publicava uma lista com o nome dos livros proibidos de serem vendidos ou lidos. A obra de Galileu apareceu na lista em 1664, onde ficou por quase duzentos anos. Mas a publicação era vendida por altos preços fora da Itália, onde o poder da Igreja era menor.
O tempo passou e Galileu foi aos poucos superando o sofrimento com a condenação. Começou até a escrever um novo livro! Mas dessa vez, ele deixou de lado os motivos pelos quais as coisas se moviam e estudou como o faziam. Por exemplo, como os limões caem dos limoeiros? E como são disparadas as balas de canhões?
Corriam boatos em Roma de que a prisão de Galileu, em Siena, era parecida com férias. O Santo Ofício decidiu então que ele devia limitar seus contatos sociais e afastar-se para sempre de qualquer atividade de ensino. Assim, ele podia voltar para Arcetri, onde tinha uma casa. Lá, ele não podia receber visitas que pudessem discutir idéias científicas, nem ir a lugar algum (exceto o convento vizinho). O papa também proibiu a reimpressão dos livros anteriores de Galileu, para garantir que suas obras desaparecessem aos poucos na Itália. Após sair de Arcetri, Galileu voltou a sua casa em Florença.
Com o passar do tempo, Galileu ficou cego. Na noite de 8 de janeiro de 1642, ele morreu de uma febre acompanhada de dores nos rins. Seu desejo era ser enterrado perto do pai, na basílica principal da Igreja Franciscana de Santa Croce, onde havia várias capelas particulares com os túmulos de melhores famílias florentinas. Mas ele foi enterrado fora da Capela de Noviços da igreja, pois o papa considerou que qualquer homenagem em relação a Galileu seria uma ofensa à sua autoridade. Só em 1737, após a morte do papa, os restos mortais de Galileu foram levados para o jazigo de mármore de um monumento em sua homenagem.
Só em 1822, o Santo Ofício permitiu a publicação de livros que ensinassem o movimento da Terra, e em 1835, o
Diálogo de Galileu foi excluído da lista de obras proibidas pela Igreja. A forma como o cientista foi tratado pela Igreja começou a ser revista com a ascensão do papa João Paulo II. Em 1982, ele ordenou a criação de grupos de estudos para investigar o caso do cientista. Em 1992, o papa endossou publicamente as descobertas de Galileu e afirmou que houve uma trágica incompreensão mútua entre a Igreja e o cientista, e Galileu foi retirado da lista de condenados pela Igreja.
Papa João Paulo II, retirou Galileu da lista de condenados da Igreja Católica.
No site do Vaticano, eciste um livro que é uma coletânea de documentos sobre o julgamento de Galileu Galilei, o download é livre e grátis.http://asv.vatican.va/en/stud/download/CAV_21.htm
Pesquisa: http://www.dannybia.com/danny/pens/galileu_galilei.htm